O financiamento do programa Informatiza APS considera a classificação geográfica rural-urbana estabelecida pelo Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE), e o recurso será de custeio pago mensalmente por equipe.
Será transferido mensalmente aos municípios e ao Distrito Federal que fazem parte do Programa Informatiza APS, na modalidade fundo a fundo. O repasse terá início após o primeiro envio dos dados da Atenção Primária à Saúde ao Ministério da Saúde após a publicação da portaria de homologação da adesão, se observados os requisitos e parâmetros mínimos do Programa Informatiza APS.